工程中心采用主任负责制,下设主任助理1人.设三个主要研究方向:生物3D打印机、药物3D打印机、打印机材料设计与开发;每个方向设1个学术带头人；设立由4人组成的学术委员会。工程中心将以市场为导向,实行“专业化、市场化和竞争化”的开放运行管理机制。中心日常管理实行项目组的管理模式。由项目负责人组织申报、考核和技术成果的产业化相关技术服务；由技术研发部、中心实验室负责项目的具体实施；中心的人事管理、资产管理和资金管理由中心办公室统筹规划；充分发挥中心专家委员会的监督、指导和导向作用，努力将本中心建设成为科学研究、产业化和人才培养基地。